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我校学者在HORTIC RES上发表“千种本草基因组数据库”论文

2022-08-05 14:02:56T T

我校作为牵头单位,本草基因组学团队组织全国相关科研院所开发了“千种本草基因组数据库”(1K-MPGD,http://www.herbgenome.com/),作为“千种本草基因组计划”的重要组成部分,用于存储和整合药用植物基因组及其重要活性成分成功构建千种本草基因组数据。相关研究成果以“1K Medicinal Plant Genome Database: An integrated database combining genomes and metabolites of medicinal plants” 为题,近日正式发表于国际园艺顶级学术期刊《园艺研究》(Horticulture Research)(中科院一区)。该论文的通信作者是中医药创新研究院/交叉学科研究院陈士林首席教授和宋驰教授。

目前1K-MPGD已整合百余种药用植物基因组数据及药典中已记载的天然药用成分信息,该平台可链接药用成分相应的KEGG compound,并包含了BLASTJBrowseGene function research等在线工具,将“代谢物-基因-基因组”研究完美结合,为药用植物研究者提供了专注于药用植物基因组及代谢物研究的一站式平台。1K-MPGD计划在未来五年收集近千种药用植物基因组及代谢物数据。同时,全球科学家正在对多种复杂的、具有挑战性的药用植物基因组进行测序和组装。1K-MPGD将定期完成药用植物基因组和代谢物数据更新,还将继续开发新的功能拓展模块。

基因组研究的快速发展助力药用植物天然产物合成代谢的深入探究,对中草药的研究和发展具有重要意义。由于缺乏结合药用植物基因组和关键药用成分的数据库,限制了研究学者对药用植物有效成分的深入研究和合成代谢通路鉴定。相信1K-MPGD将成为一个全球性的、活跃的药用植物数据库在线平台,加速研究人员在新品种选育和重要次生代谢产物合成生物学的研究,为药用植物资源研究提供长远帮助。

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图1 千种药用植物基因组数据库架构



论文链接:https://doi.org/10.1093/hr/uhac075



(供稿:中医药创新研究院/交叉学科研究院)

终审:科技处管理员